Ves poddaná klášteru sv. Jiří v Praze

Kolem roku 1130 zřejmě zachvátil Libici ničivý požár. Život se vrátil pouze na předhradí, kde pomalu vznikala středověká ves. Hradisko nebylo obnoveno a pustlo, až se plocha změnila na pole. Ze zbytků jeho kamenných hradeb si zdejší sedláci stavěli obytná i hospodářská stavení. 

V listinách Přemysla Otakara I. z roku 1228 a Václava I. z roku 1233 je Libice už vedena do hradského obvodu havraňského a podána je klášteru sv. Jiří v Praze. V Libici stály  v té době zřejmě dva kostely. První starší byl zasvěcen Panně Marii, novější potom   sv. Jiří, ten se polohou zřejmě nacházel v místech ještě staršího kostela sv. Bonifáce. Roku 1336 abatyše kláštera sv. Jiří prodala manský dvůr spolu s rychtářstvím v Libici   a v okolních vesničkách Ješkovi ze Všechlap.