V panství poděbradském

V roce 1420 Zikmundovo vojsko obléhalo poděbradský hrad a Libice neunikla pustošení uherských žoldáků. Další těžkou ránu utrpěla v roce 1425 od Sirotků. V roce 1437 ji právoplatným zápisem císař převedl společně s dalšími vesnicemi do majetku pánů z Kunštátu a na Poděbradech. Obyvatelstvo na Poděbradsku patřilo mezi přívržence Husova učení. Husitskými válkami poničená obec se v druhé polovině 15. století jen zvolna vracela do normálního života. 

Hynek, syn Jiřího z Poděbrad, také slíbil pro Libici obnovení farnosti. K opravě poničených kostelů však došlo až v roce 1494. V 15. a 16. století byla tedy Libice malou obcí a jejími obyvateli byli převážně méně zámožní zemědělci. Vedle renovace sakrálních staveb se obnovil starý manský dům a byl založen další. Držitelem starého manského dvora se stal Hynek Baderský z Oujezda, pozdější hejtman panství poděbradského a kolínského. Po něm držel dvůr jeho syn Jan.  Posledním majitelem se stal Bavor Baderský z Oujezda. Držiteli druhého manského dvora postupně byli: Svatoš z Výklek řečený Chalupa, Jindřich z Tajchnic, Eliška, manželka Hanuše Nečanského z Minic, která jej roku 1545 prodala Vondrákovi Peterovi. Po něm se stal majitelem Pavel Pavlounek a od roku 1571 Jíra Petera, dále písař Jan Kapoun z Karlova, který dvůr hodně zvelebil. 

Roku 1579 dochází k prodeji dvora Dorotě Koutské, k ní se roku 1591 přiženil Jan Krejčí a po jeho smrti Jan Dvořák. Ten prodal dvůr nezletilému Janu Letňanskému z Vyšerovic, po jehož smrti přešel majetek do držení Jana Nedomy, rychtáře z Kout. Tento rod držel nemovitost do konce 18. století, kdy se poslední dědička provdala roku 1792 za Jana Křičku. Po třicetileté válce byl dvůr zabaven. Kromě válečných útrap ochuzovaly rolníky časté požáry a povodně ( k regulaci Cidliny došlo až začátkem 20. století ) 

Roku 1620 byla Libice částečně zničena vpádem císařských vojsk, k dalšímu vojenskému drancování a ničení došlo v roce 1632. Největší pohromou pro celý kraj byla invaze vojsk saského kurfiřta roku 1634. Tehdy lehla téměř celá ves popelem, zůstalo je několik poničených domků. Devastaci neunikly oba manské dvory, kostely a fara. Tragédii zachycuje známá kresba Karla Škréty mladšího.